在进行医疗器械管理体系认证时，需要注意以下问题：

确保审核流程的严格遵守：应详细了解ISO 13485标准的审核流程，并严格按照流程进行准备与提交。同时，应提前与认证机构沟通，确保审核过程顺利进行。

加强员工培训：应对全体员工进行ISO 13485标准的培训，确保员工理解并满足标准要求。同时，应定期进行复训，提高员工的质量意识和技能。

规范质量文件管理：应建立规范的文件管理制度，确保文件的编码、版本、保存等环节有序管理。同时，应定期对文件进行备份和审查，确保文件内容的完整性和准确性。

严格执行纠正措施：应认真对待审核过程中发现的问题，制定有效的纠正措施，并确保措施的执行效果。同时，应积极跟踪纠正措施的落实情况，避免相同问题反复出现。

关注认证机构的资质和信誉：在选择认证机构时，应关注其资质和信誉，确保其能够提供高质量的认证服务。可以通过查询认证机构的官方网站、客户评价等信息来了解其信誉情况。

重视认证准备和沟通：在认证前，应做好充分的准备，包括整理好公司的管理体系文件、对员工进行培训等。同时，应与认证机构保持良好的沟通，及时了解审核进展和反馈意见。

遵守相关法规和标准：医疗器械管理体系认证是基于相关法规和标准的认证，因此必须遵守相关法规和标准。同时，还应关注相关法规和标准的更新情况，及时调整公司的管理体系。

持续改进和更新管理体系：医疗器械管理体系是一个持续改进的过程，因此应在认证后继续关注管理体系的完善和更新。可以通过定期进行内审、收集客户反馈等方式来发现管理体系的问题并加以改进。

总之，医疗器械管理体系认证需要严格遵守审核流程、加强员工培训、规范质量文件管理、严格执行纠正措施等，以确保公司的管理体系符合标准要求并获得认证。同时，还需要关注认证机构的资质和信誉、重视认证准备和沟通、遵守相关法规和标准以及持续改进和更新管理体系等问题。